Sasahara Kanji est un jeune homme friand de séries animées. Récemment arrivé à l'université, il recherche un club dont les membres partageraient le même hobby que lui. Un seul semble convenir à sa demande : le club Genshiken. Voulant voir à quoi ressemble ce club et ses adhérents, il décide de se rendre dans le local qui lui est réservé. Les membres lui tendent alors un piège afin de le tester, et le voilà qui plonge dedans la tête la première. Dès lors, le voici officiellement membre du Genshiken. Commence ainsi pour le jeune homme un véritable parcours initiatique dans l'univers de la culture visuelle.
